依據自來水法第十二條之三：「水資源相關基金應依各水質水量保護區分別設置專戶，各專戶並設置運用小組管理運用。專戶運用小組成員由相關中央主管機關、水質水量保護區與其用水地區地方主管機關、民意機關代表、居民代表及社會公正人士組成；其設置要點由水資源相關基金管理委員會定之。」保護區所在鄉（鎮、市、區）公所依「水質水量保護區專戶運用小組設置要點」，綜合區內民意後研擬水源保育與回饋計畫（其內容包括水資源保育與環境生態保育基礎設施、居民公共福利回饋及受限土地補償等事項），提交所屬專戶運用小組（由區內民眾、社區、地方及中央政府共同組成的）初審，以建立透明的民眾參與與監督機制；同時輔以「水質水量保護區土地受限補償金發放標準」和「水質水量保護區土地受限補償行政契約範本」，共同作為水質水量保護區受限者受補償之執行依據。
(一) 水質水量保護區專戶運用小組設置要點
該要點規範了水源保育與回饋費專戶運用小組之組織、成員、行政經費來源與支用等事宜，同時明定該專戶運用小組與水資源作業基金基金之作業程序與主管機關之督導配合事項，以建立透明之民眾、社區及政府共同參與與監督水源保育與回饋費機制。
(二) 水質水量保護區土地受限補償金發放標準
配合93年6月30日自來水法部分條文修正公布案，特就第十二條之二第三項第三款明定「發放因水質水量保護區之劃設，土地受限制使用之土地所有權人或相關權利人補償金事項」，依同條第四項規定授權由中央主管機關會同行政院原住民族委員會及相關部會，視土地使用現況、使用面積及受限制程度，訂定水質水量保護區土地受限補償金發放標準，以具體落實「受限者得償」之原則，進而維持或降低區內土地使用強度，俾利水源水質水量之維護。
(三) 水質水量保護區土地受限補償金行政契約範本
依據自來水法新增條文第12條之2第四項規定和「水質水量保護區土地受限補償金發放標準草案」之內容，據以擬定該行政契約範本，作為行政機關與人民締結行政契約並互負給付義務之依據。
詳「水資源作業基金收支保管及運用辦法」全條文