依據自來水法第十二條之二：「於水質水量保護區內取用地面水或地下水者，除該區內非營利之家用及公共給水外，應向中央主管機關繳交水源保育與回饋費。其為工業用水或公共給水之公用事業，得報經中央主管機關同意後，於其公用事業費用外附徵百分之五以上百分之十五以下之費額。供農業使用者，中央主管機關及中央農業主管機關應編列預算補助。補助對象及方式之辦法，由中央主管機關會同中央農業主管機關定之。」對於保護區內取用地面水或地下水者，以「水源保育與回饋費收費辦法」和「水源保育與回饋費補助辦法」作為受益者付費之執行依據，以提供穩健之財源辦理水質水量保護區之保育與回饋工作。
(一) 水源保育與回饋費收費辦法
配合93年6月30日自來水法部分條文修正公布案，特就第十二條之二第一項明訂「於水質水量保護區內取用地面水或地下水者，除該區內非營利之家用及公共用水之外，應向中央主管機關繳交水源保育與回饋費」，依據銅條第二項規定，由中央主管機關會商有關機關依水源或用水標的，就水源保育與回饋費之徵收項目、對象、計算方法、費率、徵收方式、繳費流程、繳納期限、繳費金額不足之追繳、取用水資源量之計算方法及其他應遵行事項，訂定水源保育與回饋費徵收之辦法，俾有穩健之財源辦理水質水量保護區之保育與回饋工作，並落實「受益者付費」之原則。
(二) 水源保育與回饋費補助辦法
隨著社會型態之變遷、經濟結構之轉型，工商業快速發展，農業生產反趨萎縮致農業收益日漸偏低，為特別照顧農業用水者，特依自來水法第十二條之二第一項規定，由中央主管機關會同中央農業主管機關訂定「水源保育與回饋費補助辦法」，由上述機關分別編列預算補助水質水量保護區內取用地面水或地下水，而供農業使用之水權人或臨時使用權人，俾完成其依法應繳交之水源保育與回饋費。
詳「水資源作業基金收支保管及運用辦法」全條文