93年6月11日經立法院三讀通過自來水法部分條文修正案之內容，其修正重點之一為明定水源保育與回饋費之徵收並將經費納入基金管理，並成立運用小組管理運用，以確保經費運用之合法性。爰此，經濟部依據自來水法第十二條之二第三項規定「水源保育與回饋費得納入中央主管機關水資源相關基金管理運用」，將所徵收之水源保育與回饋費納入經濟部水資源作業基金內，並依據自來水法第十二條之三第第一項規定依各水質水量保護區分別設置專戶，各專戶並設置運用小組管理運用。
詳「水資源作業基金收支保管及運用辦法」全條文