庫區上游河床高程高，淤積物多為粗顆粒有價料，以挖土機及卡車開挖運載經台7線送往砂石場。主要作業場所為義興壩及羅浮橋下，其中羅浮橋須俟水位降至240公尺以下方可進場作業。
庫區中游阿姆坪水域水深漸深，淤積物漸細，泥料成份則增加，以抽砂船作業以輸泥管經防淤隧道送往出口篩分場，篩出粗細砂販售，細泥料則留置於沖淤池，俟機引洪水沖回大漢溪後出海。
區下游水深最大及淤積物極細，鄰近各取水口及排砂隧道入口，平時以抽泥船於區內來回抽泥，確保取出水口前庭不淤以維持其出水功能；颱洪期間，則由排砂隧道進行水力排砂，以排除異重流。
抽泥船所抽泥水於水庫後池及溪洲社區旁的沉澱池放淤，其中後池放淤部分俟當年度颱風來時以溢洪道洩洪水量沖入大漢溪後出海；沉澱池部分則經靜置1年，俟泥水含水量下降後外運台北港利用。