為改善民國93年8月23日艾利颱風對石門水庫之影響，民國95年5月開始實施的石門水庫及其集水區整治工作，包括分層取水工、發電鋼管改建及中庄調整池等，目前皆已完工，民國107年開工的阿姆坪防淤隧道工程持續辦理中，預定民國111年完工後加入清淤行列。
分層取水工
分層取水工之取水豎井位於大壩左岸山坡上，可於颱洪過後水庫高濁度期間，取代石門大圳取水口(入口高程193.5公尺)，依需要取用水庫表層較低濁度原水，可免因取水口太低而易受濁度影響之情形，有效確保桃園地區公共給水穩定供應。取水豎井直徑10公尺、深度43公尺，設有三個取水口，分別為高程236、228及220公尺，設計取水量為140萬噸／日（16.2秒立方公尺），所取水量經3公尺直徑取水隧道送往下游，可經石門大圳聯通管送往石門大圳至石門淨水場，或與水公司第二原水抽水站輸水系統銜接，經三坑抽水站送至平鎮、龍潭淨水場，或經由桃園大圳送至大湳淨水場。
取水豎井上層、中層取水口已於民國98年12月舉行通水典禮，而下層取水口位於高程220公尺處，則歷經民國100、104及110年利用水庫水位降至高程220公尺以下的機會，把握時機於110年6月施工完成。
分層取水工輸水管線布置圖取水豎井上層取水口蝶閥室安裝蝶閥
上層取水口破鏡段鋼管安裝作業
上、中層取水口及下層破鏡段施工情形
發電鋼管改建
石門水庫排砂隧道設於大壩右山脊溢洪道左岸，入口中心線標高173公尺，總長約377.6公尺，將既有石門發電廠2號機壓力鋼管銜接新建排砂壓力鋼管改為專供排砂專管，排砂水量由原本受限電廠機組負載與導翼開度限制之68.6秒立方公尺，提升為可排放水量最大至300秒立方公尺，設計於颱洪過後排除水庫異重流。
工程於民國98年12月開工，歷經3年至民國101年12月完工，是台灣第一座利用發電鋼管改建為排砂隧道的水庫，克服了許多工程難度，成為石門水庫最主要而經濟有效的排砂管道。本工程於民國102年7月蘇力颱風期間首次啟用，水庫底部原水濁度下降迅速，顯示排除異重流，成效極佳。
石門發電廠另一條1號鋼管則仍保留發電功能，並透過分歧管分別增設複葉閥後銜接兩台機組，讓單機維修時可藉由複葉閥的關閉隔離讓另一機組持續發電，兼顧穩定供電及發電最大化。
發電鋼管改建後配置示意圖
排砂隧道分岐管定位與組立(左圖)及排砂隧道水工機械組立及高壓閘門與射流閘門安裝(右圖)
複葉閥閘室施工情形(左圖)及鎮墩區分歧管鋼筋綁紮(右圖)
中庄調整池
中庄調整池是國內首座高濁度備援人工湖，位於石門水庫後池下游約12公里大漢溪左岸，於大漢溪設攔河堰引水，經由1.7公里引水路送至調整池蓄存。調整池平日蓄滿水，颱風來臨時不引水，石門水庫進行水力排砂致鳶山堰原水濁度上升影響供水時，將調整池乾淨的水經由4.8公里輸水路送至下游淨水場，其中大湳淨水廠每日最大30萬噸，板新淨水廠每日最大50萬噸；調整池有效容量約505萬噸，可備援供水至少約7天。
攔河堰工程主要包括9座排洪道及傾倒式閘門、2座排砂道、魚道、取水口等。其中，排洪道每道傾倒式閘門高約5.16公尺、寬約20公尺，是國內首座於主流河道內採用傾倒式活動堰的攔河堰，規模也是東南亞最大。
中庄調整池平面布置圖
攔河堰排砂道施工(左圖)及傾倒式閘門門扉吊裝(右圖)
中庄攔河堰現況
調整池池區挖運趕工
中庄調整池現況
為加強石門水庫防淤及排洪能力，於庫區中游阿姆坪興建「阿姆坪防淤隧道」，主隧道長約3,702公尺，工程經費約36.58億元，於民國112年4月竣工。
防淤隧道完工後之運轉方式，平時則藉由抽泥船將淤積物透過隧道內裝置的輸泥管送至出口，再藉由分選設施，將泥砂資源部分再利用，可沖淤料則於颱洪期間藉由水力排砂排入河道出海。
阿姆坪防淤隧道工程佈置圖
阿姆坪防淤隧道進口段及其圍堰
隧道開挖(左圖)及隧道出口段沖淤池側牆混凝土澆灌(右圖)
阿姆坪防淤隧道出口段之沖淤池施工情形
阿姆坪進水口工區施工現況(111年8月)
阿姆坪主隧道頂拱安裝輸泥管(111年1月)
阿姆坪沖淤池蓄滿及出口弧型閘門(111年7月)
阿姆坪出水口及沖淤池工區施工現況(111年8月)