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為具體落實各項水源區保護之管制措施及管理計畫， 由臺北水源特定區及坪林水源特定區之相關主管機關及權責單位成立共同管理協調會報，定期開會檢討，以有效落實及監督各項措施之執行。 共同管理協調會報確實依照環評承諾執行，有關計畫執行情形與辦理績效，開放後第一年內每月召開一次檢討會議，之後則至少每季檢討一次，並於三個月後彙整提報共同管理協調會報執行監督委員會。

為監督共同管理協調會報之運作，及確保公正客觀，由政府相關單位代表、專家學者及非政府組織（NGO）之環保團體等組 成「執行監督委員會」，以公正監督檢核管理措施之執行成效。另依環評法規定，須由目的事業主管機關對開發單位辦理環評追蹤考核， 並由主管機關嚴格監督開發單位環評承諾執行情形。在「執行監督委員會」、目的事業主管機關及環保主管機關嚴格把關下，將可確保有條件開放後水質之安全，並兼顧當地居民之基本權益。 坪林行控中心專用道開放供外來旅客使用關閉及 開放機制。

促進東部區域發展，交通部規劃闢建北宜高速公路( 即國道5 號)，並於坪林設置行車控制中心及僅供快速救護或緊急疏散用途之專用匝道( 即坪林行控中心專用道)。惟位於水源區之專用道是否開放給一般用路人通行，在環評時引發地區發展與水源保護間的爭議與衝突，經多年的協調與審議，環保署於95 年5 月有條件同意開放「坪林行控中心專用道」供當地民眾使用， 另以每日總量管制外來車輛4,000 車次通行，同一時間在坪林地區之車輛不得超過800 輛，並辦理相關的管制及監測作業， 以共同管理協調會報及執行監督委員會監督管理各項相關環境保護與減輕措施。

高公局於北勢溪及水庫區設置9 處自動水質監測站，全天候監控坪林區水體水質，監測項目包含卡爾森指數、總磷、葉綠素 a、透明度、氨氮、溶氧量、水溫、pH、化學需氧量、總有機碳、油脂、懸浮固體物等，即時掌握水質變化，以啟動緊急應變機制， 如遇突發狀況則由共管會報進行檢討及研擬適當因應對策。

惡化預警值

當自動監測站量測之水質，任一項監測數值超出預警值時，即刻啟動警訊功能，由行控中心人員進行密集監控。每季將就上季之監測數值進行例行檢討，當發現超出惡化預警值之監測數值筆數超過全部監測筆數1/3 時，將一併檢討並研擬適當因應對策，可能暫時關閉專用道。

惡化行動值

任一項監測數值，超過惡化行動值並持續３６小時以上時，將檢討並研擬適當因應對策，可能暫時關閉專用道。