「河川污染指數，River Pollution Index」簡稱「RPI」，這是目前用來評估河川水質之綜合性指標。RPI指數係以水中溶量(DO)、生化需氧量(BOD5)、懸浮固體(SS)、與氨氮(NH3-N)等四項水質參數之濃度值，來計算所得之指數積分值。並據此判定河川水質污染程度；河川水質污染程度共可分為未(稍)受污染(小於2分)、輕度污染(大於2分;小於3分)、中度污染(大於3分;小於6分)及嚴重污染(大於6分)。
葉綠體中的葉綠素主要有葉綠素a 和葉綠素b 兩種，葉綠素 a 和 b 的成分相差無幾，皆能吸收太陽光，水中的葉綠素a ( Chlorophyll-a , Chl-a )偏高時，表示水中藻類過量繁殖，間接也反應了水體化程度。 本計畫範圍內各個水質測站之測值多介於0.3~0.7 μg/L ，變動穩定，受氣候等因素影響小，依據卡爾森單一指數優養化標準，優養水質屬貧養狀態。
透明度係指光線能夠穿透水之程度，影響來源包括黏粒、坋粒、細微有機物、浮游生物或微生物等。透明度低會影響水體外觀並阻礙光的穿透，進而影響水生植物的光合作用及魚類的呼吸作用，是判斷優養化指標之一。 本計畫範圍內各個水質測站近年透明度值多介於2~3.5 M 之間，變動尚屬穩定，且依據卡爾森單一指數優養化標準，水質屬貧養狀態。
河川水體的溫度容易受到自然環境影響，是檢驗及評估水體品質的一項重要物理參數，水溫會影響水體的物理、化學及生物作用，例如：密度、黏度、蒸氣壓、表面張力等物理性質，水溫增加時水中氧溶解量會下降，會影響水中生物的活性及代謝速率等。
pH值是指氫離子濃度指數，也就是一般所說的「酸鹼值」，pH值為7代表中性、小於7代表酸性、大於7代表鹼性；受到不同生物影響、雨水、廢棄物等進入河川，水中pH值會跟著受到影響。一般來說，河川pH值大致介於pH 6.0 ~ pH 9.0。
化學需氧量一般用於表示水中可被化學氧化之有機物含量，是重要的水質監測參數之一，當水體中的化學需氧量越大，代表水中有機物含量越高，也代表水體污染越嚴重。
在有機物的化學組成中，碳元素不可或缺，因此測量每公升水中有機污染物之碳毫克數可做為表示水體中可氧化的有機物全量；天然水體之有機物含量低，河川受廢水、污染物後中有機物含量即會大量增加，故總有機碳為判斷水質優劣重要參數之一。
油脂是水體污染的主要類型，特別是在河口和近海水域，不僅阻礙空氣中氧氣及光的滲入，造成河水之溶氧減少，影響水中生物生存，灌溉用水中若油脂含量過高，將使植物枯死。
河水的懸浮固體物質主要來源是家庭污水及暴雨逕流等，當水中懸浮物質含量過高時，會影響透明度，以及河川之曝氣與光合作用的進行。此外，若為有機懸浮固體，則會消耗水中的溶氧，並會產生臭味。
NO2的氣味濃，有種酸臭味、很難聞，只要稍微吸到一點點，就會引發咳嗽、呼吸急促，或是噁心想吐、眼睛痠痛，同時會減少身體對於病菌的抵抗力。
二氧化硫(SO2)是空氣污染物質，主要來源為工業石化燃料燃燒與燒煤，長期接觸低濃度的二氧化硫，會出現頭痛、慢性鼻炎和支氣管炎等問題。
空氣中的一氧化氮大多是植物、含氮物質燃燒過程中所產生的，為無色無味氣體，其與其他物質反應的活性程度高，也可轉化為二氧化氮。
空氣中存在許多污染物，其中漂浮在空氣中類似灰塵的粒狀物稱之為懸浮微粒(Particulate Matter)，總懸浮微粒(TSP)為懸浮微粒的總稱，主要來自燃燒所產生之黑煙、營建工程及道路揚塵等。這些懸浮微粒很容易因吸入人體呼吸道，存積在肺部，進而危害人體健康。
懸浮微粒PM10是指空氣中直徑小於或等於10微米(約相當於人的頭髮絲粗細的1/5)的顆粒物，由於這部分顆粒物可進入人體的鼻腔和口腔，因此也被稱為可吸入顆粒物。
是指空氣中直徑小於或等於2.5微米的粒子，通稱細懸浮微粒，會經由鼻、咽和喉進入人體，可穿透肺泡而直接進入血管中，隨著血液循環全身，是健康的隱形殺手。
氮氧化物主要包括一氧化氮（NO）及二氧化氮（NO2），容易讓人咳嗽或是呼吸急促、疲憊、噁心，而高濃度的氮氧化物會造成上呼吸道腫脹、灼傷，甚至死亡。
一氧化碳主要來自石化等燃料之不完全燃燒產生，其對血紅素的親和力比氧氣大得多，一旦發生中毒反應，容易造成心跳停止，在4~6分鐘損傷大腦，超過10分鐘就會導致腦死。