德基水庫集水區農作土地利用時過度施用肥料、農藥，農民耕作習慣使農地裸露，加以全球暖化與極端氣候加劇，颱風和梅雨等短時間強降雨的沖刷，均為影響水質之重要因子。而農牧活動影響水中污染物質含量之種類包括農藥、沉澱因子(如懸浮固體、濁度)、生化需氧量、營養鹽及細菌等；德基水庫水體之農藥殘留成分定期監測結果中，包括納乃得、加保扶、加保利等總計158種以上農藥殘留成分目前均未檢出。(圖：集水區農作情形)