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台灣早期之河川發展與管理工作較偏重於治水與利水的水利設施，較少整體環境生態考量，近年來生態保育觀念抬頭，民眾對環境保護需求殷切，然而現有之河川生態資料無法滿足工程單位進行生態環境保護規劃、設計之需求，故需調查或補充現有資料之不足，並整合提供各界做為河川環境規劃、訂定河川環境管理計畫、河川環境營造計畫、河川保育復育計畫及河川治理計畫工程規劃、布置、設計及施工時生態維護考量之參考資料。「河川管理辦法」於民國91年5月訂定發布後，賦予河川管理當局訂定「河川環境管理計畫」之權責，將河川管理帶進兼顧防災減災與環境保育之新紀元。爰此，水利署水利規劃試驗所於民國91年著手規劃河川情勢調查工作，另水利署為規範各所屬機關辦理所轄中央管河川情勢調查作業之項目、方法及要求，以建立一致性的河川環境基本資料，業於104年1月16日以經水河字第10316166710號函頒「河川情勢調查作業要點 」作為辦理河川情勢調查之參據。秀姑巒溪水系位於台灣東部花蓮縣境內，為中央管河川，主流發源於中央山脈崙天山南麓（標高2,360 公尺），主流全長約81.15公里，集水面積1790.93平方公里，平均河川陂降約1/111，流域範圍則涵蓋花蓮縣富里、卓溪、玉里、瑞穗、萬榮、光復、豐濱、台東縣海端及池上等9個鄉(鎮、市)行政區。流域內陸域與水域生態相當豐富流域涵蓋，本局於民國93及94年針對秀姑巒溪主流及富源溪、紅葉溪、豐坪溪、卓溪及樂樂溪等5大支流進行河川情勢調查，惟經年已久，為瞭解河川環境及生物特性之長期變化、充實現有之河川生態資料，並掌握自民國94年至109年間河川治理之影響，爰於110年度起分2年再次就本水系進行全面性生態環境及河川情勢之調查，以瞭解水系環境及生態變遷，並期以落實的基礎調查，專業的分析與詮釋資源，將調查成果回饋至河川相關規劃、治理及管理，以提升生態治河工程品質，期能達到永續發展的最終目標。