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東港溪中下游取用水質不佳，一直無法提供做為公共用水，要如何恢復東港溪水質成為自然生態永續以及可供應潔淨公共用水，一直是屏東地區公民團體所期待與奮鬥之目標。但面對生活及畜牧廢水至今仍直接或局部處理排到東港溪中、下游各支流，使得水質改善至為不易，加以該流域地下水資源豐沛，長久以來即以地下水為主要水源，惟不能應其豐沛之地下水資源，而忽視恢復東港溪地面水質的改善工作。而將此改善工作全課責政府作為，顯然也事倍功半，因此改善東港溪水質環境不能僅靠公部門之作為，推動公民參與以公私協力行動會比單純靠宣導教育來得實質有效。 目前屏東縣政府正在東港溪流域中游之台糖萬隆農場推動「大潮州地下水補注湖第1期工程實施計畫」（以下簡稱大潮州人工湖），目的在增加地下水補注，減緩地層下陷，保持屏東平原地下水庫的永續環境。大潮州人工湖於沖積扇扇頂進行地下水補注，往下游在扇央至扇尾可能因地質的分層變化，使地下伏流水湧出地面形成湧泉，並成為持續流動的溪流，補充東港溪及林邊溪流域的河川流量。因此大潮州人工湖預計105年度完成後運轉，將可能使各湧泉溪流產生更多潔淨的水量。 基於保護東港溪必須先保護湧泉溪流，而湧泉會形成具濕地生態的溪流以及建構優質水環境的基礎，因此透過認識濕地對於水質潔淨的養護知識，是保護湧泉溪流的重要方法與指標。將保護湧泉及其衍生溪流之水質，透過其生態指標認識的學習與定期檢視行動，並逐一排除污染源，將可逐步擴大保護湧泉溪流的範圍。此外，用各種創意的方式來建立具實務作用的保護東港溪行動，讓流域民眾帶著樂趣及愛護水環境的使命，逐年建立並擴張流域水質保護版圖，使交流保育水環境技術與經驗，成為一場公民參與保護流域的行動網絡。適逢104年度遭遇十年大旱，南部地區用水面臨緊繃臨界點，且屏東諸多地下水位下降造成許多民戶及產業發生缺水事件，面對南台灣取得新水源不易，更凸顯必須在節水、改善水質及伏流水運用上找出各種有效之多元取水方案，因此透過政府及民間合作共同解決東港溪水環境課題所遭遇的相關問題，促使東港溪早日改善水質以提升解決南台灣缺水之困境。