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頭前溪為新竹縣、市境內的主要河川，近年來因環保意識抬頭，民眾對環境保護需求殷切，因此河川治理除了維持其河川正常機能外，並兼顧河川生態環境之維護保育。為推展頭前溪河系河川事業、河川管理及提供水利單位對生態工法規劃設計之參考依據，而對頭前溪河系河川有關之基礎資料，包括人文、地文及水文資料、生物、空間利用等之河川情勢調查。現有之河川生態資料無法滿足水利工程單位進行生態環境保護之規劃、設計，故本校自2004年4月起受經濟部水利署第二河川局委託辦理為期兩年的頭前溪河系情勢調查計畫一案，2004年為第一年，2005年為第二年。2004年的調查中共發現有264種植物，其中台灣大豆歸屬於第三級之稀有植物；哺乳類的調查發現13種，其中名列為珍貴稀有保育類的山羌以及小麝鼩兩種；鳥類94種，其中鳳頭蒼鷹、大冠鷲、紅隼、彩鷸、領角鴞、黃嘴角鴞、八色鳥、台灣畫眉等八種珍貴稀有保育類，特有種生物則僅有台灣紫嘯鶇一種；爬蟲類20種，其中屬保育類的有眼鏡蛇、龜殼花、雨傘節及台灣草蜥等；12種的兩棲類，其中保育類的有貢德氏赤蛙、面天樹蛙和褐樹蛙；蝶類及蜻蜓調查中，共記錄了5科58種的蝴蝶及5科13種蜻蜓；水域部分共發現39種魚類，其中保育類僅有鱸鳗一種，主要的優勢種為底棲性的蝦虎魚科魚類明潭吻蝦虎魚（Rinogobius candidianus）和游泳性的鯉科魚類台灣石（Acrossocheilus paradoxus）及粗首鱲（Zacco pachycephalus），但以明潭吻蝦虎魚的分布最廣；蝦類共發現3科9種，粗糙沼蝦為分佈最廣的優勢蝦種；蟹類則發現3科5種，分佈最廣之蟹種為日本絨螯蟹。另外針對頭前溪生態保育及治理計畫也已提出相關的建議供水利單位參考。 2004年調查成果雖然相當豐碩，但僅有一年之調查資料仍略嫌不足，所以2005年針對頭前溪持續辦理相關的河川情勢調查。今年主要工作目的除為持續蒐集頭前溪河系，包括頭前溪主流及二條支流（上坪溪、油羅溪）現有之河川情勢調查資料，並彙整第一年之資料，以提供給相關單位參考，其調查結果可讓未來的通盤治理計畫有更多可參考的生態資料。