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為達成保護集水區以維持水庫水源水質之目的，本計畫期望藉由進行颱風暴雨時期人工水質監測與非點源污染傳輸之模擬分析等工作，以補強自動監測資料之不足及掌握非點源污染對水庫水質之影響，以充分預為掌握入庫水量之水質妥為因應。亦即本計畫在時間上係以颱風暴雨時期為採樣時期；在空間上配合北水局目前已執行之其他計畫，進行時間採樣上不足之處的補強。本計畫共計完成5場次颱風暴雨時期人工水質監測與4場自動採水保存作業，並依據現場所採集之水樣進行各項檢測分析與模式模擬。 在本計畫人工水質監測工作方面，無論水樣採集、現場檢測分析與濁度資料即時回報均可依照原規劃順利完成，並將資料提供北區水資源局緊急應變中心參考。而經由濁度與懸浮固體量之檢測資料統計分析後發現，無論濁度或懸浮固體量的高低，兩者間均呈現正相關的趨勢，97與98年度所有原水濁度與懸浮固體量之確定係數分別為0.8838與0.8477，迴歸方程式斜率分別為1.0479與1.0196，顯示原水中懸浮固體量可以由濁度的數值來概略估算。而由X光繞射實驗證明，原水中懸浮固體的礦物組成是以石英含量最高，其次依序為伊萊石、高嶺石與綠泥石等次生黏土礦物，這也導致颱風過後自來水公司淨水場出現白濁水的現象。 而在自動採水作業方面，颱風暴雨期間壩區及阿姆坪2監測站的各項水質均相當良好，氨氮與硝酸鹽氮濃度與汛期前之差異並不大，3個自動採水作業測站中僅有霞雲站的懸浮固體量及總磷含量較高，此一結果符合以往針對集水區上游農業開發而施用之農藥因雨水沖刷而隨著土石進入水體的推論。此外，已建立庫區水質模擬模式並完成模式率定，完成水位及懸浮固體之模擬，模擬結果合理。