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本計畫係針對高屏溪下游段左、右兩岸之人工濕地，進行水質改善持續監測，探討濕地中底泥與水質關係；調查地下水文變化情形及生態多樣性物種分佈。並於水質、底泥、生物中三方面探討重金屬污染情形，並延續環境荷爾蒙物質監測。 2009年水質分析中，由於88水災衝擊影響左、右岸研究區域濕地，導致整體濕地之研究受到中斷，而人工濕地未受創前之水質淨化分析採樣共執行2次。左岸在污染物的削減方面，SS、TCOD、BOD5有不錯之效果，去除率分別為91%、59%、77%。對於NH3-N的去除效果也非常顯著，高達97%，由於FWS＃1~2中佈滿大量的水生植物，因此可藉由水生植物及微生物的代謝、吸收來降低NH3-N值。陸域地面水體分類部分，進流NH3-N偏高，屬於丁類水體，出流水因溶氧未達丙類水體4.5mg/L以上，因此僅符合丁類水體。RPI方面，水質淨化之效果較為明顯，武洛溪水質屬於中度污染，而經由人工濕地將污染物削減後，出流水可改善至符合輕度污染。右岸濕地水質監測分析中，A區SS去除效果較不明顯外，B區去除效果就很明顯，達72%。BOD5部分，A區的去除率高達62%，B區48%，顯示微生物的有效分解作用使得最後之放流水BOD5已降至3mg/L左右。COD部分兩區的去除率約在43-29%之間。氨氮方面， B區(91%)有比A區(0%)高的去除率，不過最後匯流之後水中氨氮仍高達1 mg/L左右，屬於中度污染的水體。磷的部份由於現場植生茂密，植物生長對磷的有效攝取，因此去除效果明顯，A區去除率有58%，B區更高達73%。E-Coli部份由於南部陽光充足，紫外光有一定之殺菌效果，所以A區有91%以上之去除率，而B區去除率也有50%。總結調查成果得知，左右岸濕地在陸域土壤部分，並未受到營養鹽或重金屬的污染，不過在底泥部分已發現Cr, Cu, Zn與As等元素之濃度疑有偏高現象，且這四種元素彼此間都有極高度的相關性(p<0.01 or <0.001)，因此推測它們的污染來源有其共通性。不過，濕地歷經88水災後所堆積的底泥，其重金屬濃度並不高，且有低於原人工濕地之現象，因此可做為濕地復舊之參考。針對2008/4～2009/8量測左、右岸濕地地下水位發現，左岸濕地之地下水位高於右岸濕地。左岸濕地地下水位介於15.0m～18.5m之間；右岸濕地下水位介於9.2m～16.6m之間。從左、右兩岸濕地地下水位變化得知，豐枯水期對於淺層地下水為最大影響。並透過2006、2008與2009年等水位線變化分析，得知2008年濕地豐枯期地下水位變化差異最大，左岸部分相差約為1.1m，右岸則相差約為2.2m。探討高屏溪河川與濕地地下水文，分析發現左岸濕地鄰近之河段呈現地下水補注河川而形成得水河川；右岸濕地鄰近之河段呈現地下水補注河川而形成失水河川。左右岸濕地模擬結果，水平衡分析部分，抽水量約有86萬噸/年，在自然降雨補注約有139萬噸/年補注入地下含水層；河川補注地下水約2.6萬噸/年，而地下水補注河川6.7萬噸/年。本計畫在水域生態調查方面2009年左右岸濕地魚類共記錄4目6科8種，841隻次，其中有5種為外來種，數量佔總捕獲之81%，調查結果以慈鯛科的尼羅口孵魚、鱵科的當氏異鰭鱵、鬥魚科的三星鬥魚及花鱂科的大肚魚為主要優勢種，其中花鱂科的大肚魚於2009年數量較2008年大幅增加。 2009年調查浮游藻類共記錄綠藻類30屬、藍綠藻類15屬、矽藻類9屬、裸藻類3屬及黃藻類1屬。附著藻類則記錄13屬39種，以腐水度指數(SI)來評估左右岸濕地水質，評估結果介於α-中腐水水質至污染嚴重之強腐水質。 2009年水棲昆蟲共記錄5目9科14種，其中包括鞘翅目牙蟲科的Hydrophilidae spp.、雙翅目紋科的Mansonia uniformis、蜉蝣目田鼊科的Sphaerodema rustica及紅娘華科的Laccotrephes japonensis等4種水棲昆蟲於前3年度均無記錄。利用Hilsenhoff科級指數來評估濕地水質介於普通至極差等級。 2008年濕地魚體重金屬檢測方面，從分析結果得知25隻魚體中並無發現鎘、砷、汞及鉛等重金屬，而魚體蓄積之重金屬主要為鉻、銅、鋅及鎳。其中Cr的濃度介於4.25~6.38 mg/Kg，Cu的濃度介於0.5~2.50 mg/Kg，Zn的濃度介於1.00~20.00 mg/Kg及Ni的濃度介於0.63~2.13 mg/Kg，其中又以Zn的檢出率(100%)及濃度最高，此趨勢與底泥樣品中重金屬也以鋅為最高相同。2009年所分析的33隻魚體當中，鎘、鉻、鎳、鉛、砷及汞等重金屬之檢測濃度皆