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集水區管理之良窳直接影響下游匯流處水庫之水源、水質及水量。本計畫研析國內外水庫集水區水質管理作法，透過石門水庫集水區之研究案例，提出水庫集水區水質管理策略，以及石門水庫集水區水質管理實施計畫（草案），作為政府主管機關政策制訂之參考。此外，本研究應用策略規劃方式，透過分析網路程序法（ANP）專家問卷調查研擬整合一套合理可行之水質管理策略。 依美國及日本集水區案例研析，顯示集水區管理大多為跨域管理，為協調及整合集水區管理事項，皆成立協調或管理委員會；日本有160個地方政府制定自來水水源保護條例。本研究經德菲法及分析網路程序法（ANP）專家問卷調查統計結果，顯示石門水庫集水區水質管理最重要影響因子依序為「機關協調溝通」、「機關權責分工」、「行政執行能力」、「民眾參與程度」與「經費預算」。政策備選方案重要性依序為「組織策略」、「法制策略」、「社經策略」與「科技策略」。顯示不論是影響因子或政策備選方案，「組織管理」為當前水質管理首要考量之關鍵要素。 爰此，本計畫提出，在石門水庫及其集水區整治特別條例結束後，為求能永續經營石門水庫，集水區保育工作乃不可間斷，建議組織面應成立「石門水庫集水區管理協調小組」，進行集水區整體計畫之協調與整合事宜。此外，為延續並擴大「石門水庫及其集水區整治計畫」之整體效益，本計畫針對目前整治計畫內容較缺乏的水質改善及污染源削減等具體措施，研提「石門水庫集水區水質管理實施計畫」（草案），並建議經濟部水利署應召集石門水庫集水區管理相關權責單位，協調與整合民國100年後「水庫集水區保育實施計畫」（五年為一期）相關工作事項、經費及期程。 依自來水保護區劃定原則及取水現況，石門水庫自來水保護區範圍目前暫無範圍變更之需要性與正當性，且石門水庫自來水保護區與其他依法劃定之保護區範圍多所重疊，僅2.4%面積(17.85平方公里)未重疊劃定。因各類保護區劃定依據之法源及目的皆不同，本研究建議，各類保護區劃定範圍與自來水保護區重疊仍不宜成為自來水保護區進行範圍縮編之理由。 為利自來水保護區範圍審議作業並使劃定程序與申請內容能有所依循，本計畫檢討修訂經濟部水利署九十三年頒佈之「既有自來水水質水量保護區範圍變更或廢止作業手冊檢討」，並整合研提「自來水水質水量保護區範圍劃定、變更或廢止作業手冊」。 我國目前自來水水質水量保護區劃定、變更或廢止由自來水事業提出申請，可參考飲用水水源水質保護區或水土保持特定區劃定方式，由地方政府研議、申請，經中央政府審議、核定，賦予地方政府執行自來水水質水量保護區之權責，建議今後研議修訂自來水法第二條及第十一條。此外，本研究建議依據保護區之「面積」與「行政轄區」（跨縣市與否），分別成立自來水水質水量保護區管理協調平台：「集水區管理協調小組」、「自來水水質水量保護區跨縣市工作小組」或「自來水水質水量保護區地方政府工作小組」。