九二一 大地震造成石岡壩相當嚴重的損壞，修復方式亦相當繁雜，具關鍵性及技術性之主要修復工程如下：
■ 南幹線輸水隧道緊急修復工程
■ 堰體緊急搶修工程
■ 右岸緊急修復工程
■ 下游副壩及第二消能池緊急修復工程
■ 下游左岸擋土牆及第一消能池緊急修復工程
■ 弧形閘門修復工程
■ 魚道新建工程
＊石岡壩全部修復工程於民國89年年底完工＊
一、南幹線輸水隧道緊急修復工程
輸水隧道樁號0+180～0+200 公尺段遭地盤錯動擠壓而錯斷，局部落差約3.5公尺；其餘隧道襯砌伸縮縫受損而大量滲水。
修復設計係在進水口至隧道錯斷段以直徑3.4公尺鋼管銜接，其外以混凝土填充；錯斷段以S 型鋼管銜接，外以混凝土座固定;其餘受損隧道(0+200-0+637) 以直徑3.2公尺鋼管為內襯，鋼管背填充混凝土。
二、堰體緊急搶修工程
壩體左壩座隆起約十公尺，右壩座隆起約2.2 公尺，由於不均勻隆起，造成基礎岩盤開裂、壩體及閘墩產生裂縫、右壩斷裂等情況。修復設計主要包括：基礎灌漿，壩體及閘墩裂縫修補及植筋等。基礎灌漿係以固結灌漿方式處理破裂岩盤，使形成較均勻之基礎，以補強承載力及水密性，並控制沉陷量；裂縫修補係檢測各裂縫破壞情況，訂出三種修補方式；壩體植筋採用灌漿孔埋設的10號鋼筋，補強昇層弱面、基礎交接面及堰體斷裂部分之抗剪強度。
三、右岸緊急修復工程
針對右壩NO.17 、18號溢洪道斷裂全毀，修復設計納入民意訴求，於壩體上游三十四公尺處構築鋼板樁圍堤，以水文紀錄年內最大洪水為設計標準，維護現有右岸損毀壩體，保留為地震紀念地；並增設魚道以符合國家生態保育宗旨。
四、下游副壩及第二消能池緊急修復工程
在經歷下游河床下降及此次地震後壩體隆起破損，消能池已無法產生正常水躍充分消能，下游急需興建副壩以抬高尾水產生充足水躍，同時藉由副壩消能效果降低流速減少沖刷，以增加石岡壩體安全;另右側護岸受損沖失處以混凝土塊(2X2X0.5m)排列重建，第二消能池破損處底部空隙以低壓填充灌漿。
五、下游左岸擋土牆及第一消能池緊急修復工程
地震後下游左側擋土牆，自重力壩銜接處至下游五十三公尺處整段傾倒毀損，必須拆除重建;第一消能池底部空隙以低壓填充灌漿、裂縫進行填縫修補。
六、弧形閘門修復工程
各號弧形閘門受損情形不一，必須依照現場實際情況進行修復並配合土木部分施作。修復設計原則如下：
a.吊門機扭力軸變形或脫落者，更換並依實地量測實長重新製造扭力軸。
b.閘門若側框變形小(如間隙小)可改變門扉橡膠水封形式，以達到密合;但若側框變形大，則須將側框局部混凝土打除，依現場間隙重新製作修補。
c.NO.1、NO.15溢洪道閘門扉卡死，係因橋墩斷裂造成擠壓，致閘門無法啟閉。須配合土木部分NO.1、NO.15溢洪道及閘墩培厚工程，將門扉切割縮減開門寬度，重新組裝。
d.閘門若門扉啟閉過程中歪斜程度不大，即以整修水封接合面或調整側輥輪，抑制門扉啟閉之軌跡。
e.閘墩混凝土裂縫影響水密;除底框嚴重扭曲變形，須鑿除重新安裝外，各門框裂縫均以填縫料修補止漏。
七、魚道新建工程
大甲溪一向以水生生物豐富及其獨特性著稱，為符合國家生態保育宗旨，在廣納地方保育團體、學界人士及民意訴求，經評估後於石岡壩石岸增設魚道。魚道規劃魚種對象為鰻鱺科，魚道型態採水池式魚道，水理符合魚類溯游能力。魚道新建工程完工後，預計將可創造魚類溯游機會，使鰻鱺科在大甲溪之生存空間由現況15公里長河段拓展至40公里，棲息地增加近三倍。