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寶二水庫與水公司所管寶山水庫均自上坪堰取水，與頭前溪主流上的隆恩堰水源聯合運用，協同供應新竹地區公共用水需求。 豐水期頭前溪川水量豐沛，寶山水庫及寶二水庫可經常維持高水位，甚至滿庫；但枯水期頭前溪流量降低，隆恩堰可引水量減少，須由寶山及寶二水庫透支放水補充，為減緩水庫水位下降速率，由北邊的石門水庫、南邊的永和山水庫跨區支援，並啟動頭前溪隆恩堰下游高灘上的17口備援井抽水補充。