2004年艾利颱風侵台，石門水庫集水區降下超大豪雨，洪水夾帶大量泥砂及漂流木，導致桃園地區18天大停水，經濟損失難以估計。為拯救石門水庫，政府於2006年公告實施「石門水庫及其集水區整治特別條例」，開啟石門水庫長達十數年的大改造工作。要拯救水庫，除設施改造工作外，如何妥善面對集水區保育問題、與民眾作好溝通亦甚為重要，期待經由溝通了解，使國人更認識與愛護水資源，此為石門水庫推動環境教育萌芽期。
2011年「環境教育法」開始實施，隔年(2012年)，石門水庫通過行政院環境保護署「環境教育設施場所」認證，初始期間，主要以石門整治計畫集水區保育為主軸，開啟民眾對水資源利用、集水區保育治理的認知，並加速環境教育的推動。
2017年起，配合國際對「水文化」的重視，石門水庫環境教育逐步轉向對「水文化」的探索，重整石門水庫建設史，及桃園台地自明末清初迄今之水資源發展史，期能透過歷史的回顧與掌握，發掘獨特的水文化與水利智慧，讓參與者覺知所處水環境的艱困，進而關切環境，轉為愛水的行動。2019年完成「石門水庫水文化初探」專書出版，以「桃園臺地三百年」、「石門水庫一甲子」、「 用水調適與人才發展」三大單元，綜整水利發展的文化歷史意涵 ，也開啟了石門水庫與社會廣眾的對話。
2021年成立石門水文化館，以「石門水庫一甲子」及「桃園台地三百年」為兩大主軸，期使參訪民眾能一覽石門水庫的水利成就與人文風采，而該館的成立，亦可視為石門水庫推展水文化的元年。石門水庫環教課程則由原先12門濃縮精簡為3部分，即「石門水庫的水」、「石門水庫一甲子」及「桃園台地三百年」等。