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底泥依其定義係指因重力而沉積於地面水體底層之物質，廣泛而言包括了河川、灌溉渠道、湖泊、水庫、埤塘、港灣等水體之底部沉積物均屬之，屬水體環境重要的組成，其污染一般而言不易為人所接觸或直接誤食，但底泥長期累積的污染物質，則會經由食物鏈的累積與放大效應，對水生生物及人體健康造成威脅。行政院環境保護署基於國內過去因為底泥污染事件造成不同程度的人體健康危害問題，為維護底泥品質以保護水體環境及維護食品?生，積極執行全面性污染底泥管理工作。將底泥品質管理相關規範納入「土壤及地下水污染整治法」(以下簡稱土污法) 修正條文中，於99年2月3日公布施行。依相關規定，河川、灌溉渠道、湖泊、水庫及其他經環保主管機關公告之特定地面水體之目的事業主管機關應定期檢測底泥品質狀況，與底泥品質指標比對評估，送中央主管機關備查，並公布底泥品質狀況等；於101年1月4日發布「底泥品質指標之分類管理及用途限制辦法」訂定重金屬、有機化合物及農藥計41項品質指標項目之上下限值，及底泥品質指標項目濃度高於下限值且者，目的事業主管機關應針對該項目增加檢測頻率；102年7月15日發布「目的事業主管機關檢測底泥品質備查作業辦法」則明訂各類水體底泥採樣檢測作業之佈點規劃、檢測頻率、申報備查作業等相關程序，並明訂自103年1月1日起施行，目的事業主管機關至少每五年應定期檢測所轄水體之底泥品質1次。八河局轄管卑南溪流域及九河局轄管花蓮溪及秀姑巒溪水系，須依前開相關規定並配合經濟部水利署規劃，辦理各期底泥品質採樣檢測、增加頻率採樣檢測及申報備查相關作業。