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在無法利用燻蒸消毒處理樹木褐根病的疫區，將疫區分為三種類型；第一類型： 土壤層厚且病殘根多的疫區，以非寄主植物來進行防治工作，目前選用芭蕉及香蕉等非寄主植物，進行地上部的種植工作。第二類型： 土壤層稍微多些的地方，則利用經實驗篩選出耐病性較佳的茄苳來進行種植，替代原來枯萎的樹木。第三類型： 坡度陡且石塊多土壤少，利用非敏感性的寄主桂竹，來進行替代原來枯萎的樹木。 每一個試驗區塊定期進行記錄，同時利用一些木材腐朽菌；包含香菇、木耳、靈芝、血紅密孔菌、東方栓菌，進行打孔或噴灑孢子等接種工作來進行木質部位的競爭以降低原樹木褐根病的族群，並移除疫區內的子實體避免產生空飄孢子加速病害的傳播。 菇菌接種後3個月於110年11月進行觀察，所接種之木質殘體大部份被淘空，石臘封口被破壞，尤其是接種香菇之木頭狀況較嚴重。由於實驗地區位處開放的野外空間，除了民眾因好奇接種部位遭受人為的破壞外，最大可能是因為菌種散發之香味，吸引園區內的野生動物取食。菌種在野外空間生長受光照、濕度影響波動較大，亦會增加出菇形成子實體之困難度。經觀察血紅密孔菌生長較快速，已有部份接種之木頭開始長出子實體。而隧道口、溪州公園區域之部份木頭則有其他非目標菌種生長，如裂褶菌、側耳、鬼傘。接種後1年進行評估發現東方栓菌與血紅密孔菌，仍然為最普遍發現及適應性高的菌種，幾乎全年均可發現，而且族群建立數量也較多。溪州公園區域發現多種真菌，包括相鄰小孔菌、美髮網菌及小團網黏菌，亦再次發現野生革耳及光輪層炭殼菌，此區域的菌種多樣性遠較其他接種區域高。疫區植物栽植的部分，目前香蕉試驗區生長良好，可能因選植環境不同的關係，香蕉苗較優於茄苳苗適應石門水庫之生長棲地，並呈快速生長之趨勢，各栽種區域之間差異較少，第1季存活率約在67−100 %之間，在第二、三季觀察，稍為降落至46−95%，其平均存活率接近80%；而且生長量及生長速率非常高、病蟲危害也少，部份香蕉苗高達320公分、苗直徑寬達26公分，是初植時期的10倍，甚至於其吸芽(香蕉的繁殖體)也較初植時期之母株大。各區域有差異的原因如下SMR05梅園停車場之山坡及SMR10 過高線次山坡因屬陡坡之地形，水分及養分易流失，所以存活率較其他種植地低，只有約50%。枯萎的植株，檢視根系發現皆未因褐根病感染死亡，主要原因為鋤草傷口沒有復原而枯萎及旱象適應不良而枯萎。茄苳樹苗種植一年後的存活率約30％，檢視枯萎的茄苳皆未受樹木褐根病感染，為種植後適應存活的問題而枯死，茄苳樹苗種植初期之存活率就大減，其中之原因為栽種後適逢百年一見的大旱期，石門水庫集水區110年3−5月的降雨量持續減少，以致土壤含水率極低，情況罕見，水分的持續減少供給使大部份苗木枯萎，以致茄苳之存活率只有約30%。隨著後來的雨量逐漸恢復穩定，甚或更豐沛充足，小苗之存活率已轉趨穩定，當中以SMR01溪州公園及SMR03梅園水塔種植地之存活率較高，約有50%及40%。惟部份苗木的蟲害嚴重，整株葉片被鱗翅目害蟲啃食，嚴重影響苗木之健康生長。另外，因小苗栽植時樹基部缺乏保護，以致定期割草維護時被割毀，也是其中一項影響苗木存活率之原因。桂竹於第一次栽植因遇旱象，加上所栽植區域土壤少石塊多保水力不佳，導致1000株桂竹苗無一存活，同年110年8月開始陸續補植，於區域土壤較厚實處進行補植共計266株，同時進行澆水及噴水等維護工作，目前有120株存活，存活率約45％。