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東港溪中下游取用水質不佳，一直無法提供作為公共用水，要如何恢復東港溪水質成為自然生態永續以及可供應潔淨之公共用水，一直是屏東地區公民團體所期待與奮鬥之目標。但面對生活及畜牧廢水至今仍直接或局部處理排到東港溪中、下游各支流，使得水質改善至為不易，加以該流域地下水資源豐沛，長久以來即以地下水為主要水源，惟不能因其豐沛之地下水資源，而忽視恢復東港溪地面水質的改善工作；將此改善工作全課責政府作為，顯然也事倍功半。改善東港溪水質環境不能僅靠公部門的投入，持續推動公民參與深耕保護行動，以公私協力持續守護河川行動會比單純靠宣導教育來得實際有效。 要改善東港溪原水水質，由於涉管權責單位包括環保、農政、水利、國土計畫等領域及機構，在未有流域單一權責機關的現況下，不易找出可整合各機構及凝聚民氣之領頭羊單位。因此本局擬透過公民參與機制做為深耕保護河川水質，持續引領流域民氣參與，形成可廣邀各權責機關及各類權益利害關係人，共同參與溝通對話及合作行動之平台，使各個減廢政策或創造之方法可形成具體之減廢效益，以達改善原水水質之正向機會。 目前中央到地方各權責機關，陸續雖有提出各種減廢改善水質之計畫，有的正在實施或部分仍在構念階段，不易在短期內獲得減廢之成效。而東港溪公民參與計畫從103年度實施推動以來，已建立流域諸多民間團體參與認養湧泉溪流，建立公私協力調查畜牧業行動，並與屏東縣政府環保局合作推動「發酵糞肥供農地使用」之公私協力行動，復因本局另委託辦理「東港溪流域整體水資源運用策略研擬」計畫中提出以各支流氨氮減量作為各支流可恢復飲用水標準之目標。因此如何針對單一支流，透過協力行動與合作平台之建置，以單一支流氨氮減量目標訂定執行對策以及合作計畫，有效逐步建立具體減廢改善水質，做為本計畫重要之主軸與努力方向，提升保護水資源環境之施政成效。