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新竹地區近年來由於工商業快速發展，公共及工業用水量與日俱增，尤其新竹科學園區高科技工業繼續擴展及新竹科學城開發計畫相繼推動，用水需求日感迫切。根據台灣自來水公司推估，新竹地區現有水源水量僅能滿足至民國八十六、七年間之需求，其後新增用水必須另覓可靠具有調蓄功能之新水源因應。由經濟部水利處自民國七十五年起多年之調查規劃，認為寶山第二水庫最具開發價值，經獲經濟部補助經費辦理完成可行性規劃後，並向行政院提報「新竹縣寶山第二水庫工程計畫」業奉核准實施。 寶山第二水庫壩址位於現有寶山水庫南方約三公里處，屬中港溪水系峨嵋溪支流石井溪上游，為一離槽型水庫，主要水源為引取頭前溪支流上坪溪豐水期及其剩餘水量，利用現有寶山水庫上坪攔河堰（原燥樹排攔河堰）新建進水口，經新設沉砂池沉砂後由新建引水路引水進入水庫調蓄運用。寶山第二水庫供水區域包含新竹市科學工業園區，新豐湖口工業區、竹北市、新埔工業區、芎林一部份等，每日可增加供水量19.15萬噸，年增加供水量6,990萬噸，幾乎是寶山水庫的六倍大，預估到民國110年，大新竹工業和民生用水將可供應無缺，竹科二十年的用水危機也將徹底獲得解決，配合政府推動振興產方案之政策供應新竹科學園區三期擴建完成後所需之用水，提高本地區水資源之調蓄能力與空間，以續水資源永續利用與發展，減低地下水超限利用，配合區域均發展提供新竹生活圈公共給之資源達成區域發展目標，可與隆恩攔河堰及寶山水庫聯合運用可提高本系統之供水量。