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為具體衡量臺北水源特定區劃設效益，本計畫參採Chaves and Alipaz (2007)集水區永續指標(Watershed Sustainability Index) ，整合水文(Hydrology)、環境(Environment)、生活(Life)與政策(Policy)，即H.E.L.P等四大面向的量化指標成為集水區保育指標，用以評估臺北水源特定區之劃設與經營效益，以瞭解臺北水源特定區之集水區經營績效與水資源保育的情況。另，結合集水區永續指標量度與平衡計分卡法(Balanced Score Card Method)，研析臺北水源特定區未來管理策略方向。 本研究透過績效評估因子的建立，確認水質、水量、森林、土地管理之水土林三位一體的水源保育工作的重要性，與其他五個不同管理方式的集水區相較，台北水源特定區擁有最佳的劃設與管理績效，本研究認為，這主要是因為其土地管理以及水土林整合對於水源保育的重要性。台北水源特定區因其歷史淵源，能夠成為台灣第一個也是目前唯一依都市計畫法劃設，以土地管理為手段的集水區管理單位，其經驗實屬難得，對於未來政府推動流域整合性管理定能提供寶貴參考。實現流域管理的先決條件是能力建設(capacity building)，也就是以適當的政策和法律體系，保障流域綜合管理的實施。本研究根據平衡計分卡的概念所建立的水源局組織管理策略地圖，說明了建立學習型組織對於水源局將來的發展的重要性，所謂學習型組織，最主要的就是管理組織能依外在環境的變遷，依照組織所被賦予的目標，適度調整變化、學習成長來建立完善管理程序與機制，例如包括落實開發人力資源，包括加強管理制度和提高用水戶的關心程度；以及加強宣傳教育等。 台北水源特定區管理局目前整合水土林跨領域的業務，然而建管、水質、保育、土地管理等，並不僅是水利事務，而是依據流域現況與管理方案的流域管理工作，水利署依職權為水利法主管機關，但其他包括污染排放、水質管理，土地管理，污水下水道興建森林保育，山坡地保育與水土保持，工礦土石等事權均不屬於水利署業務範圍，水源局原來在省府時期的管理委員會的模式正具有整合性流域管理的雛形，而流域管理基本上是屬於一種分散式的管理，不同種類之事務，雖由不同之事業主管機關來進行，但牽涉到同一地區或同一目的（如水源保育）時，能由不同機關透過委員會或工作小組的方式議決，再交由一具有執行能力的管理組織執行。除了嚴格法令限制外，執行能力與跨領域的整合協調，正是台北水源特定區過去近三十年來，保育大台北水源地績效卓著的主要原因之一。