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近年來，以物體之種屬、聚落、數量等，已漸漸地被做為描述自然環境所承受污染的程度之指標值，尤其是針對廣闊的自然環境。在水生生物體中之魚類，因其分佈廣泛，容易採樣，且其種類繁多，容易觀察；因此，常被用來做為定義水體水質及自然環境生態系統健康度的指標生物。由於魚體內所含的有毒物質（如：重金屬等）之濃度乃集水體環境之總和，而且魚類對許多毒性物質有較高之敏感度，所以適合做為生態系統健康度之指標。因此，由測定魚體內所含有毒物質之濃度，可適當地反映出水體環境受到有毒物質污染之程度，亦可由魚體組織病理變化，決定水體環境的毒性程度。 在水庫水質方面，分析結果中發現，曾文水庫水質符合甲類水質標準，只有表層水之BOD明顯較高，並在第一次（94年9月26日）的水質檢測結果中部分測點之總磷濃度亦有超過標準值(0.02 mg/L)，主要污染來源可能為養雞場之廢水；而檢測結果中之重金屬及農藥均未超過環保署規定之保護人體健康環境基準值。由卡爾森指標（Carlson Trophic State Index，CTSI）分析得知，在兩次檢測結果皆顯示曾文水庫處於普養至優養的狀態，而以L4（情人公園）測點之優養化程度最嚴重，L1及L5測點次之；L4測點可能原因為鄰近人為活動最為頻繁之情人公園及湖濱公園，導致該地區水質優養化嚴重。 總體而言，水庫水體中翹嘴紅鰭鮊及小盾鱧 (魚虎，Channa micropeltes)之組織病理並沒有較多病變狀態，只有少許之病變現象，而僅在高體四鬚魮（武昌魚）身上有較明顯的病理變化徵兆，其可能由於使用一般垂釣者所使用之誘餌，或因其主要棲息於水庫水體中底層，攝食水體底層動植物，導致其病變發生。因此，由魚病理變化及魚病理指標（Z）分析結果皆可知，L1測點之魚病理指標值為最高，顯示該區域之水體水質可能已長期受有毒物質之污染，工作團對認為有必要作進一步長期的觀察與分析研究。 由魚病理指標（Z）與水體有毒微量元素積分值之水體健康度綜合評估結果亦顯示，L1測點（嘉義農場）之水體可能已遭受到有毒物質影響，屬水庫水體內最嚴重之區域，雖然有水體水質檢測中並未發現明顯之污染物質，但是，卻已在部分魚體組織器官中產生明顯病理變化。因此，由本計畫所進行之魚病理觀察及結果可知，魚體組織器官之病理變化乃為水體中的初期警訊，對於未來針對水庫水質之檢測工作項目中，仍屬極為重要之調查工作重點，建議亦必須對於國內其他水庫進行相同之觀察與研究。