斗六堰位於雲林縣林內鄉清水溪與濁水溪匯流口上游約一公里處，原為斗六大圳進水口，經納入集集共同引水計畫工程重新改建進水口以連接南岸聯絡渠道，並利用雲林水利會原有枋寮導水路穿越清水溪段暗渠予以加固為固定堰，俾利穩定取用清水溪河川逕流水，而原斗六大圳進水口則予以保留。
斗六堰進水口設置於左(南)岸，設計取水量為40秒立方公尺，為濁水溪及清水溪流域水資源聯合運用重要一環外，尚肩負當集集攔河堰計進行排砂作業或遭遇異常事件致無法正常供水時之替代水源。
另為避免固定堰阻斷生態廊道之通暢，於排砂道左側設有魚道一座，以供魚蝦等水中生物上朔之需。
斗六堰基本數據：
堰型：自由溢流堰
堰長：890公尺
堰頂標高：由右岸109.7公尺漸變至左岸109.3公尺。
進水口：位於排砂道左側，設計取水量每秒40立方公尺，取水閘門7門，閘門底標高107.8公尺。
排砂道：位於堰左端，共3道，由閘門控制，門底標高105.0公尺。
魚道：位於排砂道左側，寬2公尺，上游出口設閘門1座，閘門底標高109.0公尺。