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臺南海淡廠計畫主要工作項目分為「海水淡化廠工程(含)取排水工程」及「輸水管線工程」，本分署主辦海水淡化廠工程(含)取排水工程，「輸水管線工程」委由台灣自來水公司代辦，基於效率及品質之要求，預計以統包辦理招標並以自辦監造方式加速推動，完成第一期最大每日10萬立方公尺之產水目標，且土建部分採一次到位。考量臺南海淡廠計畫之實施無可避免將會對其周圍環境產生程度不等之影響，本分署擬定辦理施工前(設計階段)及施工期間之環境監測等作業，並參考「開發行為環境影響評估作業準則」之項目等級，進行各項環境監測及生態檢核等工作項目，監測記錄工程施工前(設計階段)及施工期間周遭環境及生態因子之狀況，以便該影響若超出環境涵容能力時，能適時採取減輕對策，降低負面影響，同時能有效督導統包商確實遵照相關環保法令施工；此外，本計畫依據行政院公共工程委員會112年7月18日工程技字第1120200648號函頒「公共工程生態檢核注意事項」辦理，並依個案工程及生態環境特性調整修訂，於施工前(設計階段)及施工期間進行環境監測與生態檢核，落實前開各階段所擬定之生態保育對策與工法，確保生態保全對象、生態關注區域完好並維護環境品質。