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石岡壩魚道，於921地震復建時所增設，魚道工程於民國90年4月16日開工，90年12月11日完工。設計水流量0.3立方公尺，其入口(出水口)標高259.57公尺、出口(進水口)標高269.40公尺、總長147公尺，屬於水池階段式(Pool and Step or Pool and Weir Type)，係供洄游生物使用。歷年(截至民國111年)石岡壩魚道及其上下游之測站中，記錄15科47種魚類，甲殼類4科9種，水棲昆蟲8目20科，動物性浮游生物7種。生態調查結果顯示此河段的環境污染低且生物資源相當豐富。而歷年監測可說明石岡壩魚道的效果良好，本區的水域生態還是維持在相當好的程度，且上下游之間都有非常豐富的河川生物資源。 本計畫工作項目包括：(ㄧ)長庚橋至埤豐橋（含魚道）水域生態及洄游生物監測調查、(二)建立石岡壩魚道及其上下游水域生物物種名錄、(三)探討石岡壩魚道及其上下游之水理及水質與水域生物分布關係、(四) 辦理環境教育推廣活動、(五)統計分析生態資料並評估生態保育措施執行成效、(六)工作報告及成果報告編撰印製等。