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臺南海淡廠計畫(廠址)位於臺南市將軍區七股鹽場，鄰近鯤鯓里與鯤溟里(青鯤鯓聚落)、青山漁港、將軍漁港等，屬南縣區漁會轄區(海岸沿線跨北門、將軍及七股等3個區)，因海淡統包工程(含取排水管工程)其海域段管線係沿青山漁港北側防波堤50公尺範圍線布設出海(參照環評報告書內容)，已屬南縣區漁會距岸3浬內之專用漁業權區之傳統捕魚區內，預期未來在取排水管工程施工期間，及營運期鹵水排放進而影響沿岸漁業等相關議題，將引起漁(民)會等在地團體爭議事件，爰經評估後預計於廠區填土作業前，應完妥漁業影響評估、研提補償機制、談判溝通，以及補償協議書簽訂等各項有關作業。為儘早完成海淡廠產水，以穩定南部地區用水，爰經濟部水利署南區水資源局辦理本委託案進行相關漁業補償評估作業，俾期臺南海淡廠計畫相關工作遂行及計畫如期如質完成。