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卑南溪是連接臺東海岸、花東縱谷和中央山脈的重要溪流。卑 南 溪是臺東第一大溪，卑南之名是為了紀念卑南族的大頭目。全長約有 84.35公里，主流發源於中央山脈標高 3,293 公尺的卑南主山東側，主要支流為鹿野溪、鹿寮溪。卑南溪流經臺東縣的七個鄉鎮市，從源頭起依序是海端鄉、池上鄉、關山鎮、鹿野鄉、延平鄉、卑南鄉、臺東市，最後從臺東市北郊注入太平洋。卑南溪沿途包含眾多地景，為各式野生動物提供多樣式棲息地。然而，每年冬季十月至隔年三月的東北季風強勁，加上十一月至隔年五月為枯水季節，此時卑南溪河床因水量減少致生大面積裸露地，受到強勁的東北季風吹拂，造成河川揚塵的情況。位於卑南溪南側的臺東市首當其衝蒙受沙害，因此在過去，臺東市的風吹沙災情造就了「沙城」之稱。自 101 年起，第八河川分署在卑南溪河道施行梯田式水覆蓋工法，使揚塵問題得到有效改善。然而，水覆蓋工法可能對生態產生的影響尚未全面評估，因而透過本案於卑南溪選擇三處水覆蓋樣區，及兩處天然河段樣區進行兩次生態調查，欲了解卑南溪之生態現況，及提出水覆蓋工法之可行生態友善措施。