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寶山第二水庫(以下簡稱寶二水庫)為一離褿水庫，於95年6月完工啟用後，一直肩負供應新竹科學園區所需之用水。而隆恩堰位於新竹縣頭前溪中游經國橋上游約1公里之竹東鎮與竹北市交界處，由原新竹水利會隆恩取水口延伸改建而成，主要功能為公共給水與灌溉，與寶山水庫及寶二水庫聯合運用，可增加新竹地區供水量，為新竹地區重要水源。由於寶二水庫及其上游引水主流河道(上坪攔河堰)與隆恩堰的水質一直受到政府及全體國民高度的重視，加上極端氣候降雨豐枯懸殊且水量不足供水調度不易；故集水區內活動如農墾、農藥肥料施用、水土保持、水庫上游及社區污水排放、遊樂區興建、畜牧、養殖等都影響到水庫堰體水質及生態保育，為防範集水區過度開發影響水質及自然生態保育已有相關法規管制，環保署及水庫管理單位觀察到水庫有優養化的趨向，為維護水庫堰體水源水質免遭污染，積極推動水質監測相關措施，藉由水質監測與水域生態調查資料，建立完善的水庫集水區管理系統，提供相關主管機關擬定集水區管理的目標與污染防治措施及水庫水量操作調度之參考，進而保障民眾飲用水品質及水資源的永續利用。