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牡丹水庫於民國84年底完工，為供應屏東縣南部六鄉鎮一般用水與核三廠、墾丁國家公園、特種營區、船舶、五里亭機場等公共用水，及恆春地區旱作灌溉用水之多目標水庫。完工時，有效庫容約為3054.61萬m3，至民國104年10月餘2641.21萬m3，約為原始庫容86.47%。在經濟部水利署所查27座主要供水水庫淤積現況，屬中風險水庫。近年來，因環保意識抬頭，新水源開發不易，如何維持水庫庫容為水庫管理單位當務之急。104年4月10日「節水抗旱」國安高層會議決議：「為國家長遠發展，水資源永續利用非常重要，水庫延壽之策略，需以整體減淤的宏觀方向來推動，應加強集水區保育治理以減少泥砂產出，重要水庫水力排砂設施對於防淤助益極大，亦應積極推動。」經濟部已依各單位提報內容彙整「水庫庫容有效維持綱要計畫」，針對主要供水水庫朝民國120年達成泥砂進出平衡為目標。水庫管理中心為達前述目標，已委託顧問公司對水庫清淤方式進行規劃設計，經評估以抽泥放淤為最經濟可行方式。為掌握及瞭解水庫放淤後對下游河道的影響及變遷情形，爰成立本計畫。