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臺北水源特定區位於大台北都會區東南隅，過去因應水源政策，大部分劃訂為保安保護區。各項開發行為及土地利用皆有嚴格之規範，對區域環境及生態的維護有良好之績效。然由於社會環境快速變遷，台北地區人口稠密，休閒遊憩之空間極為缺乏，本區域自然成為民眾休閒、遊憩的地區；且當地居民長期以來亦強烈的要求自主、開發，以提昇居住品質及經濟發展。由於水源保護區經過長年的管制與管理，造就了難能可貴的自然保育環境。如今社會需求面向漸趨廣泛，為了回應地方需求，因此整合轄區內自然、人文及地理等資源，推動社區總體營造，並打造水源區成為大台北地區後花園，提供多功能優質休憩場所，是未來本分署的重要規劃方向。如何兼顧地方發展及水源保護政策（防制各類違規行為，維護特定區水源、水量、水質及生態多樣性），以達多元發展與雙贏境界，實為值得評估之課題。本分署曾於94年、95年、96年度環境生態管理與整合性利用相關計畫之研究及97-98年、100年、101年辦理臺北水源特定區生態調查監測計畫，針對臺北水源特定區之水域、陸域生態與河川環境因子進行調查監測，並將調查監測成果進一步完成生態特性分析及建立環境生態預警系統之生物指標，並同時納入之理化性之水質指標，建立環境生態整合指標(EEI指標)。然民國104年強烈颱風蘇迪勒重創本分署轄區，尤其以烏來地區最為嚴重，歷經7年的自然復育及本分署保育工程之施作，規劃辦理臺北水源特定區生態調查監測計畫，以檢視往年生態監測樣點之環境生態變化情況，並輔以生態敏感區域資訊蒐集，針對轄區內生態關注區域進行盤點，透過圖資套疊、關注物種資料庫分布查詢，彙整與工程有關之生態敏感區、重要棲地及關注物種，繪製大尺度生態情勢區域圖，並以流域區段尺度，指認關注物種、重要棲地類型及高生態價值區域，並提出相關生態友善策略原則，供治理工程規劃、水資源管理等工作參考。為確保本特定區內各項業務有效的執行，擬委託環境生態調查監測計畫，以持續監測環境生態整合指標促進台北水源特定區水土及生態資源之永續利用。