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98年8月莫拉克颱風侵襲台灣，曾文水庫集水區降下超過重現期距200年的豐沛雨量，引起集水區多處崩塌及土砂運移，造成庫容減少影響穩定供水，歷經民國99年「曾文南化烏山頭水庫治理及穩定南部地區供水特別條例」，及105-107年、109-111年保育實施計畫，本分署積極執行水庫集水區土砂監測及管理、主流河道治理工程及湖域保護帶治理工程等完成莫拉克颱風後階段性任務，成效良好，已達保育實施計畫之目標。為達成水庫永續使用的長遠目標，掌握集水區內土砂熱區，提供保育實施計畫土砂協力治理目標，掌握土砂生產與運移特性變遷，仍須辦理集水區相關泥砂監測工作，以動態掌握集水區土砂變遷，以及泥砂即時流出情形。本分署於112-113年度以LiDAR調查集水區土砂環境重點區達250平方公里，透過集水區全域土砂變異調查及變遷趨勢評估分析，持續進行水庫集水區防災監測及管理，並做為水庫整體防洪防淤操作之參考。