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水庫集水區之違規開發，將加劇水庫淤積情形，在土地利用管理首重防範於未然。依據「水質水量保護執行巡查作業注意事項」第二項規定，為落實通報自來水法第十一條規定貽害水質水量之行為，保護區內各直轄市、縣（市）政府及保護區申請劃設單位，應辦理保護區之巡查作業。由於曾文、阿公店及牡丹水庫集水區幅員廣大，為解決巡查人力不足之困境，透過衛星影像變異點辨識與查勘，以及現地定期道路巡查，在發現疑似違規開發行為時，可即時通報權責機關查處，預防違規開發行為擴大，並確保執行相關水土保持與復原工作。由於搭配逐月道路巡查作業進行曾文、牡丹及阿公店水庫集水區範圍內共計23條鄉縣省級道路現地巡查，若有疑似開發案件，巡查人員可即時紀錄及通報主辦機關查證處理。另外針對曾文水庫集水區內優先以易發生大量泥砂沖入水庫影響水庫功能之環境地質脆弱或人為開發頻繁區域，利用UAV進行前後期空拍影像對照及調查，提供權責機關集水區治理參考。