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水庫及其集水區的保育及水質一直受到政府及全體國人高度重視。本局所轄曾文水庫、牡丹水庫、阿公店水庫、高屏溪攔河堰及甲仙攔河堰等5大水域，各庫、堰因地區不同分別負有貯水、給水、發電、灌溉與觀光等任務及功能，對於南部地區水資源供應極具關鍵。然水庫與集水區內之人為活動如農墾、畜牧、生活污水排放，或是極端氣候造成水土流失都影響水庫水質的優劣。為使民眾用水得到保障，本局遵循行政院「前瞻基礎建設計畫-水環境建設」之「水與發展」主軸項下「加強水庫集水區保育治理計畫」推動各項水質管理與監測措施，積極推動各項水質管理與監測措施，期使能提供大眾安全穩定之水源，爰研擬本計畫進行水源水質與生態調查分析及研判，以期掌握轄區內各水體之水質變化趨勢，建立完善水庫與集水區水質管理資訊;除外為配合環保法規「土壤及地下水汙染整治辦法」第六條及「目的事業主管機關檢測底泥備查作業辦法」規定，辦理本局所轄水庫攔河堰底泥品質檢測作業。另鑒於阿公店水庫更新改善計畫之環境說明書承諾事項，需辦理該水庫營運階段環境監測且為對水庫營運期間環境品質能有所掌握，並期能藉由持續性監測，建立本地區長期之環境資料庫，爰進行阿公店水域生態監測之調查分析。