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行政院業已核定五大重要河川之流域整體治理綱要計畫，目前五大重要河川流域之河川防洪治理工程已完成近八成。因此現階段應以河川資源經營管理為目標，將傳統流域整體治理目標由流域整體防災治理轉為防災及河川資源經營管理並重之目標，故綱要計畫可轉型為河川資源經理綱要計畫。上述轉型過程中，應以河川資源化為主軸，透過河川內現有土砂、水量利用、水質(水污染)等課題，透過基礎資料建立及問題探討，利用水利署及科技部既有模式及研究成果，延續以資源化角度提出解決對策，達河川保育及活化資源利用為目標。本計畫目的為延續水利署既有相關研究成果，以曾文溪為例，就河川資源化為主軸，透過土砂資源利用策略、河川水質改善及水量利用策略探討，研擬河川資源經理策略，強化現行河川治理與管理面向，作為後續流域整體治理綱要計畫修正參考。