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東港溪流域位處屏東沖積扇平原，原屬易氾濫之髮辮式河川，但日治時期於1930年代進行河川源頭改道等堤防工程後，東港溪水源遂大量來自沖積扇無以計數的大小湧泉冒出所構成，提供水源水質佳且流量穩定的湧泉水源體系。自1970年代鼓勵使用地下水政策風行後，東港溪流域的生活與生產用水朝向依賴地下水，因人口逐漸增加產生的生活與生產廢水也逐漸影響東港溪原有水質，東港溪從可提供高屏地區的穩定水源量，卻有嚴重污染水質的狀況下，逐漸退位為僅能供應高雄市工業用水，或是枯旱時期以鳳山水庫原水前處理再淨化做為民生備援用水。 要改善東港溪原水水質，由於涉管權責單位包括環保、農政、水利等領域及機構，在未有流域單一權責機關的現況下，本局擬透過公民參與機制做為深耕保護河川水質，持續引領流域民氣參與，形成可廣邀各權責機關及各類權益利害關係人，共同參與公私協力及合作行動之平台，使各個減廢政策或創造之方法可形成具體行動。 有鑑於東港溪流域的污染源來自於眾多排水累積而成，為使減廢作為可以先聚焦有限資源形成具體行動而見到顯效，本局於106年度開始遴選單一支流民治溪排水，與屏東縣政府環保局共同推動「發酵糞肥供應平台行動方案」，協助媒合環保單位、社區民眾及畜牧業者三方合作，共同朝向減少廢水排放量、降低氨氮指數及資源循環利用三項效益而努力。在此基礎之上，107年度將延續前一年度行動方案模式，研提因地制宜的推動策略，以逐步經驗移轉及佈局至其他支流，擴大公私參與推動減廢能量及提升原水水質之改善機會，持續深耕擴大保護水資源環境之施政成效。